Si les Causses méridionaux sont soumis à un climat méditerranéen tempéré, les Grands Causses subissent déjà les influences du régime océanique et, à moindre degré, celles du climat continental. - Le climat caussenard résulte de la position septentrionale, le long de la ligne de crêtes sud-ouest/nord-est de la Montagne Noire et du massif des Cévennes, qui marque la limite entre le climat océanique (au Nord-Ouest) et le climat méditerranéen (au Sud-Est). Toutefois le climat (en particulier du Causse Méjean plus en altitude) est nettement à tendance montagnarde. Les pluies sont relativement abondantes et assez réparties tout au long de l'année. Sur les plateaux, le vent souffle une grande partie de l'année avec persistance.

Les vents d'origine océanique (W/NW) sont les plus fréquents ; ils apportent les giboulées de printemps et des pluies fraîches en été. Les vents d'origine méditerranéenne (S/SE) sont humides et chauds et souvent violents ; ils apportent les orages, parfois diluviens, de la fin de l'été ou de l'automne. Les hivers sont souvent froids et les vents d'origine continentale (N/NE) assèchent le sol.

Ainsi, le Causse Méjean connaît 105 à 120 jours de gelée par an. La température moyenne annuelle varie entre 8 et 9°C et les températures moyennes mensuelles sont inférieures à 10°C durant 7 mois consécutifs.

Enfin, c'est près de 2 mètres d'eau que le Méjean récolte au cours d'une année.

Aujourd'hui, les failles, les fissures, les anfractuosités des reliefs karstiques permettent une infiltration rapide. L'eau de pluie chargée d'acide carbonique (dioxyde de carbone dissout) et d'acides humiques (humus) s' infiltre dans les zones fragilisées (diaclases, fissures, fractures, failles...) et les élargit par dissolution. La circulation de l'eau s'organise en vaste réseau souterrain.

Ainsi, sur le plateau, le réseau hydrographique est quasi inexistant. A peine recense-t-on quelques sources sur le plateau dont beaucoup ne sont que temporaires. C'est donc en profondeur qu'on trouve l'eau ; et les exurgences se situent principalement dans le bas des vallées (source du Pécher, source de l'Ironselle, sources de Castelbouc...). Ces exurgences alimentent abondamment les rivières provenant des régions granitiques du Mont Lozère et de l'Aigoual ou des régions schisteuses des Cévennes.

Le débit des rivières en région karstique dépend donc essentiellement du régime des pluies. Ainsi, aux précipitations importantes sont liés des risques d'inondation en automne et au printemps, d'autant plus qu'à la confrontation de l'influence des tendances climatiques océaniques et méditerranéenne, les épisodes pluvieux peuvent être violents (777 mm en 24 h en 1963 à Meyrueis).